在神社祈祷遵循一定的程序，一旦你做过一次，就会发现其实很简单。这是从进入神社到离开的整个过程。
1. 在鸟居门
鸟居标志着神圣领地的边界。通过前先停下来，轻轻鞠躬，尽量向左或向右走而不是笔直走过中间——传统上路的中间是为神灵通行预留的，而不是访客的。
2. 在手水舍净化自己
在进入主殿之前，大多数神社都有一个手水舍（也叫净水舍）——一个用来在向神灵问候前洗去不洁的小型水亭。传统做法是用一瓢水（舀子）完成的：
右手拿着舀子，在左手上倒水。
把舀子换到左手，在右手上倒水。
再换回右手，倒一点水到左手心，用手漱口——绝不要直接用嘴碰舀子。
再漱一遍左手。
最后，把舀子竖起来，让剩余的水从把手流下来，为下一个人清洗舀子，然后放回原处。
有些神社已改用流水代替舀子——如果是这样，只需在水下冲洗双手即可；这种情况下漱口是可选的。
3. 在主殿
到达拜殿（礼拜堂）后，祈祷的程序是：
献金 – 轻轻地把硬币投入箱子。五日元硬币（"五缘"）被认为是幸运的，因为"五缘"与另一个意思为"连接"或"好运"的词同音。
摇铃（如果有的话）– 这通常被理解为向神灵问候和宣布你的到来。
鞠躬两次 – 两个深深的鞠躬，接近90度角。
拍掌两次 – 把手掌合在一起，然后拍掌。第二次拍掌后保持双手合在一起。
无声祈祷 – 有些人先在心里说出自己的名字和住址，这样神灵就知道是谁在祈求，然后许愿或表达感谢。
再鞠躬一次 – 最后一个深深的鞠躬来结束。
这个程序被称为二礼二拍一礼——字面意思是"两次鞠躬、两次拍掌、一次鞠躬"——这是日本绝大多数神社的标准做法。
这个仪式的起源
这个确切的程序并非源自古代——它是在明治时代（20世纪初）由神社祭司正式确定为标准礼仪的，随后逐渐成为普通访客遵循的模式。在那之前，礼拜方式因地区和神社而异。
少数神社仍保留着较为古老或独特的方式。最著名的例外是位于岛根县的出云大社，这是日本最古老、最重要的神社之一，其程序是两次鞠躬、四次拍掌和一次鞠躬。额外的拍掌通常被解释为接触可见世界和无形世界的一种方式——有人说两次拍掌是为了你自己，两次是为了你心中的某个人，无论他是否在场。大分县的宇佐神宫遵循相同的四拍掌模式。如果神社有自己的变化，通常会在拜殿附近竖一块牌子说明，所以在开始前值得看一眼。
拍掌本身通常被理解为一种非常普通事物的延伸——一种对愉悦或感谢的自然表达——被转化为指向供奉的神灵的一种正式、尊重的姿态。
神社与寺庙：不要在寺庙里拍掌
这是首次访客最常见的混淆：鞠躬-拍掌-鞠躬的程序特定于神道神社（jinja）。在佛教寺庙（otera），礼仪不同——你无声地合掌并鞠躬，但不拍掌。如果你不确定自己在哪里，鸟居门意味着神社；较大的木门（三门）、香火和佛像意味着寺庙。
